Antes de que los mutantes se dieran a conocer y adoptaran los nombres de Profesor X y Magneto, los jóvenes Charles Xavier (James McAvoy) y Erik Lehnsherr (Michael Fassbender) empezaban a descubrir sus poderes. No había animadversión alguna entre ellos, sino que los unía una sincera amistad y el deseo de trabajar juntos y entrenar a un grupo de jóvenes mutantes para evitar el Armagedón nuclear. Su enemigo común: el malvado Sebastian Shaw (Kevin Bacon), un mutante con el que Erik tiene una cuenta pendiente.