Rocky, Colt y Tum Tum son tres hermanos que, desde muy pequeños, han sido entrenados en el arte del Ninjitsu por su abuelo, Mori Tanaka. Un día, un viejo "amigo" de éste, Hugo Snyder, vuelve a dar señales de vida. El FBI le está investigando por una serie de turbios asuntos y pretende sacárselos de encima de cualquier manera. Aprovechando que el padre de los chicos trabaja en el FBI, decide secuestrarlos creyendo que así se librará de la investigación. Sin embargo, los chicos le pondrán las cosas más complicadas de lo que creía en principio. Exitosa película que generó tres secuelas: "3 ninjas contraatacan" (1994), "3 ninjas peleones" (1995) y "3 ninjas en el parque de atracciones" (1998).